イオンのデポジット（堆積）って？ 説明を聞いてみたらなあんだ、となります。
イオン化して水に溶け込んでいた塩素やシリカ、カルシウムの無機成分が水滴になって撥水状態の塗装表面で水分がはじかれてしまったところで結晶化しちゃうのがイオンデポジット。
ウォータースポット（水の点？染み？）は空気中の有機無機をまぜこぜに雨が取り込んで降ってくるときに無機はイオン化しないので（雨は蒸留水）結晶化しないけど（イオンデポジットにならない）、有機汚れは塗装表面で水分が飛んだときに塗装（クリアコートなど）が有機物であるがゆえに結合し、変質してしまいます。
イオンデポジットとウォータースポットが出来てしまったときの除去のしかたはいろんなサイトで公開されていますが、そのメカニズムは知っておいたほうがいいでしょう、 もって非なるもの、延長線上にはないことをご理解いただければ幸いです。
無機イオンの結晶、有機と有機の結合、と覚えていただければわかりやすいと思います。
特にウォータースポットはクルマの塗装面を有機物が侵食してしまってるわけですから、塗装面を削るなり溶かすしかありません。
相当なテクニックか絶妙な削り具合（溶かし具合）のケミカルを使う必要があるわけですね。
イオンデポジットは無機物の結晶ですから塗装面を傷めないような溶剤でいいものを見つければよいかと思います。
【結論】
そうならないためにも、適切な前処理の後に水性完全無機親水コートを施工すれば一番手入れも楽で簡単、長持ち。 イオンデポジットとウォータースポット、どちらにも悩ませられることはありません。